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Die Hühner-Kokzidiose (Ruhr) ist eine komplexe intestinale Erkrankung. Ausbruch und Verlauf der Kokzidiose werden weitgehend von der Infektionsdosis, der Pathogenität der Kokzidienart und der allgemeinen körperlichen Verfassung der Vögel beeinflusst (Salisch und Siegmann 2005). In gemischtaltrigen Tiergruppen herrscht nach allgemeiner Auffassung ein enzootisches Gleichgewicht. Dagegen kommt es bei abgesonderter Aufzucht von Jungtieren, insbesondere bei Massentierhaltung auf engem Raum, zu einem gesteigertem Infektionsrisiko und zu einer Störung dieser Balance. Jungtiere besitzen darüber hinaus noch keinen erworbenen Schutz durch Immunität. Während die Erstinfektion auf Grund von Neueinstallung bei vorangegangener Desinfektion und damit einhergehender, geringer Infektionsdosis meist symptomlos verläuft, nimmt das Risiko einer klinischen Erkrankung mit dem 2. und 3. Vermehrungszyklus der Parasiten (3.-6. Lebenswoche) zu, da der Infektionsdruck durch die massenhafte Vermehrung der Parasiten steigt (Salisch und Siegmann 2005).

Die oral aufgenommenen Erreger vermehren sich in der Darmwand, wobei sie mehr oder weniger stark ausgeprägte Läsionen und Nekrosen der Darmschleimhaut verursachen. Entsprechend unspezifisch ist das klinische Erscheinungsbild. Es geht mit Mattigkeit, verringerter Nahrungsaufnahme, Gewichtsabnahme oder unbefriedigender Gewichtszunahme und sinkender Legeleistung einher (Paganini 2005). Je nach Pathogenität des Parasiten kommt es auch zu wässrigem, teils blutigem Durchfall. Das Gefieder wird struppig, Ständer und Kämme werden blass (Guillot 2004).
Tiere, die eine Infektion überleben, sind anschließend besonders anfällig für andere intestinaleSekundärerkrankungen wie die nekrotische Enteritis, verursacht durch Clostridium perferingens (Balauca 1976, Paganini 2005).