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Die equine Influenza ist eine hoch ansteckende, fieberhafte Infektionskrankheit der Atemwege mit bevorzugter Ansiedelung an den unteren Atmungsorganen. Typisch für die equine Influenza ist ein schlagartig einsetzendes, wiederkehrendes Fieber, das bis zu 42°C ansteigen kann.

Nach wenigen Tagen setzt der kräftige, aber trockene und schmerzhafte Husten ein. Außerdem ist klarer, wässriger bis schleimiger Nasenausfluss als Folge der Entzündung der Nüsternschleimhaut zu beobachten. Darüber hinaus kann eine Entzündung der Lidbindehäute mit vermehrtem Tränenfluss auftreten. Die sich anschließende fieberfreie Phase kann Stunden oder auch Tage dauern, dann stellt sich erneut Fieber ein. Meist sind 3 oder mehr Fieberschübe bei einer Infektion mit equinen Influenzaviren die Regel. Eine kontinuierlich erhöhte Körpertemperatur ist dagegen ein Zeichen für eine bakteriell bedingte Sekundärinfektion, ebenso wie eitriger Nasenausfluss. Darüber hinaus können vornehmlich bei einem schweren Verlauf eine verringerte Futteraufnahme, Mattigkeit, Apathie und ein allgemeines oder lokales Muskelzittern auftreten. Auch Herzschwäche, Gliedmaßenödeme und Gelbsucht sind möglich.

Bei trächtigen Stuten besteht außerdem die Gefahr eines Fruchtverlustes.